A partire dal 1993, il gruppo di ricerca ha effettuato campionamenti del lago su base mensile, analizzando i parametri fisico-chimici dell'acqua lacustre, nonché la comunità biotica e la rete trofica pelagica. I programmi di monitoraggio hanno generato un'ampia mole di dati, che hanno permesso l'inclusione del Lago d'Iseo nella rete italiana ed europea per la Ricerca Ecologica a Lungo Termine (LTER) e nel Global Lake Ecological Observatory Network (GLEON).